nieuwste video clip - Groundbreaking Dutch onion science
Bij elke nieuwsbrief wordt een nieuwe videoclip uitgebracht op ons HOA YouTube kanaal. In onze nieuwste video ‘Groundbreaking Dutch onion science’ laten we zien wat nog nergens anders in de wereld is gelukt. De volgorde van de zestien miljard DNA letters van de ui is gekraakt. Daarmee is de broncode van één van de grootste plantaardige genomen ontcijferd en geeft ook de ui eindelijk zijn geheimen prijs.
Want er is een klus van wereldformaat geklaard! Bijna 20 jaar na de voltooiing van het menselijk genoom project, zijn Nederlandse wetenschappers erin geslaagd het volledige DNA van de ui te decoderen.
Het is groot, ingewikkeld en mysterieus, het DNA van de ui…
Want als u de 3 miljard letters DNA van het menselijk genoom al iets ongelooflijks vond: De ui in uw groentenmand, met zijn mooie blanke bast, telt maar liefst 16 miljard letters. Dat betekent meer dan 10 strekkende meter DNA. DNA dat op wonderlijke wijze is opgevouwen in elke uiencel. En als al die tekens zouden worden uitgeschreven op A4-tjes betekent meer dan 5 miljoen bladzijden tekst!
5x keer groter dan de mens
Het uiengenoom is dus verbazingwekkend groot. 16 Gigabasen om precies te zijn... En da’s maar liefst ruim 5x groter dan het genoom van de mens. En zelfs 18x groter dan het genoom van de tomaat. Ruim 8 jaar na de ontdekking van het tomatengenoom is het enkele volhardende wetenschappers gelukt wat nog nooit iemand eerder is gelukt: Het geheim van het genoom van de Allium Cepa is nu dan eindelijk ontrafeld.
De wetenschappers
Dr. Ing. Richard Finkers is researcher Genomics & Application Big Data en Dr. Ir. Olga Scholten is researcher Allium. Beide wetenschappers zijn verbonden aan de prestigieuze Wageningen UR en twee van hun expertisegebieden betreft Plantenveredeling en Plantweerbaarheid.
De novo sequentie
Als studieobject kozen Scholten en Finkers voor een ui met de prachtige codenaam DHCU066619. Deze zogeheten DH lijn is ontwikkeld om van de heterozygote diploïde Allium cepa een zogenaamde homozygote diploïde te maken waardoor op elk chromosomenpaar exact dezelfde genensequenties liggen. Zonder deze verdubbeling zou de de novo sequentie praktisch onmogelijk zijn geweest.
Revolutionaire DNA afleesapparatuur
Maar ook de enorme versnelling in de technologie van de DNA- afleesmachines maakte het compleet en volledig kunnen sequensen van het uiengenoom uiteindelijk mogelijk. Met de introductie van de nanoporie technologie, een mini cartridge waarop een oplossing zit met alle stoffen die nodig zijn om een DNA molecuul af te lezen, is het proces van sequensen verder gerevolutionaliseerd.
Nanoporiën
Doordat in een cartridge 8.000 nanoporiën zitten, kan het apparaat per seconde maar liefst 400.000 genenbasen lezen. Met de miniatuurversie van deze revolutionaire DNA-afleesmachine, de minION, kan zelfs tijdens het werk in het veld of in het lab worden ingeplugd in een laptop, zodat de resultaten live zichtbaar worden.
Evolutionaire kennis
De onthulling van de sequentie van het uiengenoom zal niet alleen nuttig blijken te zijn om de basiskennis van de biologische processen in de ui naar een hoger niveau te tillen. Het zal ook evolutionaire inzichten en verborgen eigenschappen in de wilde varianten en verwanten en voorouders van onze moderne ui opleveren.
Warme uienakkers
Met behulp van de sequentie kunnen nu snel de genen worden geïdentificeerd die verantwoordelijk zijn voor bijvoorbeeld resistentie tegen ziekten en plagen, stressfactoren zoals hitte, droogte, zout of een verbeterde opname van voedingsstoffen door de uienplant. Maar denk ook aan de oorzaken waarom een ui bij bepaalde daglengte pas een bol gaat vormen. Of wat te denken aan de genetische geheimen achter het vroeg of juist laat tijdens de bewaring uitlopen van een nieuwe spruit. Kortom, allemaal sleutelfactoren om in de toekomst voldoende voedsel te kunnen produceren met het oog op bevolkingsgroei en het feit dat het ook op de uienakkers steeds warmer en droger wordt.
Onderzoekers -waar ook ter wereld- kunnen nu volop aan de slag met de beschikbaar gekomen data van de ontcijferde broncode van de glorieuze ui!
Klik hier om onze nieuwste videoclip te bekijken: Groundbreaking Dutch onion science. Als u onze nieuwste videoclips voortaan automatisch wilt ontvangen, kunt u zich hier abonneren.
